Dans les eaux du Parc national, l'ensemble des règles générales applicables à la plaisance et au bon sens marin s'imposent. Sont notamment à retenir :
 

• Vitesse limitée à 5 nœuds dans la bande des 300m du continent, des îles et des îlots. Attention : dans les Calanques, la bande des 300 mètres n'est pas matérialisée. Se référer à son GPS.
• Vitesse maximale recommandée au-delà de la bande des 300m : 12 nœuds
• Interdiction de naviguer dans les ZIEM (zones interdites aux engins à moteurs) et les ZRUB (zones réservées uniquement à la baignade). Ces zones sont signalées par des bouées jaunes avec un pictogramme d’une hélice de moteur barré. Elles concernent toutes les Calanques fréquentées par les baigneurs. 
• Interdiction de naviguer dans les zones réservées aux engins nautiques non motorisées. On retrouve notamment ces zones dans l'aire marine adjacente du Parc national, notamment dans la baie du Prado (Marseille) et la baie de La Ciotat.
• Obligation de contourner de 100 mètres minimum la bouée ou le pavillon signalant la présence d'un plongeur.

• Mouillage sur bouées jaunes interdit
• Mouillage sur la Posidonie et les récifs coralligènes interdit. L’atteinte à ces espèces protégées constitue un délit passible de poursuites. Privilégiez le mouillage sur zone sableuse (zone claire).
• Mouillage interdit dans les zones de ZIM (zones interdites au mouillage). Ces zones sont généralement signalées par des bouées jaunes avec un pictogramme d'une ancre de bateau barrée. Elles concernent toutes les Calanques fréquentées par les baigneurs.
• Port-Pin et En-Vau : mouillage et dérive interdits
• Île de Riou : mouillage obligatoire à l’intérieur de la zone réservée au mouillage des navires de moins de 24 mètres. La zone est délimitée par des bouées avec un pictogramme bleu d’ancre de bateau. 

• Interdiction de nourrir les poissons 
• Interdiction de jeter des déchets en mer (y compris des restes de repas et coquilles)
• Interdiction de déverser les eaux grises et noires dans les 12 miles. Merci d’utiliser les stations de pompage prévues à cet effet dans les ports labélisés "Ports propres"
• Équipement de sécurité obligatoire et conforme à la réglementation
• Bouées tractées interdites dans le cœur marin du Parc national
• Dérangement sonore interdit. Au mouillage, merci de rester discret en gardant un volume sonore maîtrisé sur votre bateau.

L’approche des cétacés est réglementée par la loi pour éviter leur perturbations et éviter les risques de collision.

• Limiter sa vitesse à 5 nœuds dès le repérage de l’animal
• Interdiction d’approcher un cétacé à moins de 100 mètres
• Suivre une trajectoire parallèle à celle de l’animal sans jamais croiser sa route, lui couper la route ou tourner autour de lui.

• Merci de respecter le travail des pêcheurs en contournant les embarcations et les engins de pêche signalés par des drapeaux
• Renseignez vous sur l'entretien des bateaux écoresponsables. De nombreuses alternatives existent aux produits nocifs (peintures antifooling, détergents, etc.) pour le milieu marin.